Data Scientist H/F

Description du poste

À propos du poste

Dans le cadre du développement de ses projets Single-Cell et Transcriptomique Spatiale, la plateforme ICAN I/O Data Science recrute un(e) ingénieur(e) ou chercheur(euse) pour renforcer ses activités d’analyse de données à haute résolution cellulaire et spatiale, et génomique humaine.

Sous la responsabilité directe du responsable de la plateforme, le poste s’inscrit dans des projets à forte composante biologique et clinique, en interaction étroite avec des équipes expérimentales et cliniques.

Rejoindre l'IHU ICAN, c'est mettre son expertise au service d'un enjeu de santé publique majeur, aux côtés d'équipes scientifiques et cliniques de premier plan.

• Un poste à fort impact : contribuer directement à la lutte contre la première cause évitable de maladies cardiovasculaires.

• Un environnement d'excellence : un institut de référence européen, au sein de l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière.

Responsabilités

1. Single-Cell Transcriptomiques

• Analyse de données scRNA-seq / snRNA-seq

• Pré-traitement, contrôle qualité, normalisation

• Annotation cellulaire, identification de sous-populations

• Analyses de trajectoires, états cellulaires et plasticité

• Analyses de communication intercellulaire et régulation transcriptionnelle

2. Transcriptomiques spatiales

• Analyse de données de spatial transcriptomics (10x Visium, Xenium, CosMx, MERFISH ou équivalents)

• Cartographie spatiale des populations et états cellulaires

• Intégration spatial / single-cell

• Interaction avec données histologiques

3. Génomique (secondaire)

• Analyses de données WGS / WES / ciblées

• Mapping / alignement des reads (BWA, Bowtie2, etc.)

• Variant calling : SNPs, indels (GATK, bcftools, FreeBayes)

• Annotation fonctionnelle des variants (VEP, ANNOVAR)

• Analyses d’association GWAS

• Contribution à l’interprétation biologique des variants

4. Data Science et analyses statistiques

• Analyses statistiques classiques pour les études cliniq

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